В КриптоПро ЭЦП Browser plug-in при создании электронной подписи происходит перекодирование исходных данных в UCS-2 little endian и именно в таком виде данные будут подписаны. Это сделано для совместимости с теми ЭП, которые были созданы в Internet Explorer с использованием CAPICOM.
В КриптоАРМ и в cryptcp перекодирование данных при создании подписи не производится.
Для того, чтобы данные для подписи в КриптоПро ЭЦП Browser plug-in не перекодировались в UCS-2 little endian, их нужно передавать следующим образом: