Если ключи на токене были созданы разрешенными для экспорта (их можно скопировать кнопкой «Скопировать контейнер»), то перенести на айпад можно. Для этого нужно на машине с windows/unix экспортировать ключ в блоб, передать блоб на айпад и там импортировать из блоба в контейнер.
У нас в SDK есть похожие примеры:
http://cpdn.cryptopro.ru/content/csp36/html/group___acquire_example_ExportingCertificateExample.html