Основной утилитой для работы с сертификатами является certmgr (лежит в /opt/cprocsp/bin/<архитектура>). К ней есть man:
man 8 certmgr

Установка корневого сертификата:
certmgr -inst -store root -file <путь к файлу с сертификатом>

Установка личного сертификата:
certmgr -inst -file <путь к файлу с сертификатом> -cont <имя контейнера>

Установка стороннего сертификата:
certmgr -inst -file <путь к файлу с сертификатом>