Обычно ключи создаются вместе с запросом на сертификат. Если Вам требуется создать ключи и запрос на сертификат, воспользуйтесь утилитой cryptcp(документация на неё входит в состав документации на CSP, см. раздел "Работа с запросами на сертификат").

Если требуется просто сделать новые ключи, можно воспользоваться утилитой csptest. Она находится в директории /opt/cprocsp/bin/<архитектура>.

Создание контейнера пользователя:
csptest -keyset -newkeyset -cont '\\.\имя считывателя\имя контейнера'

Создание контейнера компьютера:
csptest -keyset -newkeyset -cont '\\.\имя считывателя\имя контейнера' -machinekeyset

где имя считывателя:
HDIMAGE, если используете жесткий диск для хранения ключей
FLASH, если используете флешку
FAT12_0, если используете дискету
если используете другой считыватель, то имя считывателя, настроенное Вами для этого считывателя.