Комрунет специализируется на реализации проектов по защите информации при хранении и обработке её на компьютерах, а также при передаче в стационарных системах передачи и обработки цифровой информации. При этом используются как сети передачи данных общего пользования, так и сети специального назначения на базе проводных каналов связи, спутниковых и радиорелейных каналов, используемых для передачи цифровой информации (включая цифровую телефонию и передачу видеоизображений).