Обращаем внимание, что в связи с требованиями ФСБ России о запрете использования ГОСТ Р 34.10-2001 для формирования подписи после 1 января 2019 года (источник), с 1 октября 2017 года в КриптоПро CSP версий 3.9 и 4.0, а также в КриптоПро JCP 2.0 будут появляться предупреждения о необходимости скорого перехода на ГОСТ Р 34.10-2012 при формировании подписи по ГОСТ Р 34.10-2001. Пользователь, обладающий правами администратора системы, может отложить предупреждения на месяц, установив соответствующий флаг в данном окне.

Если появление предупреждений, требующих действий пользователя, в вашей системе нежелательно (в том числе, в УЦ при выпуске CRL в автоматическом режиме, а также в любых информационных системах, предполагающих автоматическое формирование электронной подписи, но не подавляющих появление окон с помощью флага CRYPT_SILENT), сообщаем, что вы можете заблаговременно их отключить.

Подробности по ссылке.