Вот приходит клиент и хочет такой сертификат, клянётся что ему он нужен как раз "для автоматического создания и (или) автоматической проверки электронных подписей в информационной системе при оказании государственных и муниципальных услуг, исполнении государственных и муниципальных функций".

Как УЦ будет это проверять?

ИМХО использование ключей и сертификатов (а в 63-ФЗ речь также идёт об использовании) - ответственность пользователя.
Ответственность УЦ - проверка кому он выдаёт сертификат. Дальше УЦ уже не может отследить как клиент им пользуется.
Для очистки совести можно в заявлении или в Руководстве по безопасности заставить его подписаться под тем что он с этим пунктом закона ознакомлен и обязуется выполнять.