Здравствуйте.
1. Ключи, сгенерированные с использованием CSP 3.6 будут работать с CSP 3.0, но не будут работать с CSP 2.0

2. "Удалить запомненные пароли" удаляет информацию о сохраненных паролях (если Вы ранее при вводе пароля ставили флажок "запомнить пароль", эта информация будет удалена). "Удалить информацию о носителях" удаляет такую информацию, как на каком именно носителе хранится некоторый контейнер(эта функция используется в основном в тех случаях, когда требуется зарегистрировать в системе контейнер с именем, которое испльзовалось раньше, но хранящийся на другом носителе. Чаще всего такая необходимость возникает при копировании ключей с дискет и флешек методом простого переноса файлов).

3. Winlogon позволяет использовать для входа в домен не имя/пароль, а смарт-карту. Для организации этого необходимо на контроллер домена установить серверный дистрибутив Winlogon, на машину установить клиентский дистрибутив. Клиентский дистрибутив входит в состав CSP 3.6 (если используется CSP 3.0, нужно ставить отдельную программу, если 3.6 -- нет).