Вопрос закрыт.
В итоге, порядок установки следующий.
 - установить из портов devel/pcsc-lite
 - установить драйвер Rutoken S из 
https://github.com/AktivCo/rutokens-driver    при установке должны быть autoconf, automake
    # ./reconf
		# ./configure LIBUSB_LIBS=/usr/lib/libusb.so
		убедиться, что у src/convert_version.pl есть право на исполнение;
		в src/rutokens_usb.c есть ошибка по переопределению функции get_usb_interface, 
		нужно вытащить функцию из описания в форвардное определение.)
		# make
		# make install 
 - стартовать pcscd, добавить переменную в rc.conf
 - с сайта рутокена взять библиотеку связи с CryptoPRO rtSup_CryptoPro_nix_mac.zip,
   положить соответствующую архитектуре librdrrtsupcp.so куда-нибудь в lib/ , пересоздать
   hints (ldconfig -m)
 - установить пакеты инсталляции Cryptopro:
 	CPRObase-3.6.1_0    CryptoPro CSP base.
	CPROcplx-3.6.1_0    CryptoAPI lite(64bit).
	CPROkc1x-3.6.1_0    CryptoPro CSP libraries and binaries(64bit).
	CPROrdpx-3.6.1_0    PC/SC components of CryptoPro CSP readers(64bit).
	CPROrdrx-3.6.1_0    CryptoPro CSP readers and support library(64bit).
  формат пакетов "старый", устанавливать нужно при помощи pkg_add, современный pkg с этими пакетами не работает
 - стартовать сервис cprocsp  (он нахально инсталлируется в /etc/rc.d)
    После этого должен увидеться usb-ключ:
	/opt/cprocsp/bin/amd64 # ./csptest -card -enum
	Aktiv Co. Rutoken S 00 00
	Total:
	[ErrorCode: 0x00000000]
 - добавить rutoken его в конфигурацию:
	/opt/cprocsp/sbin/amd64 # ./cpconfig -hardware reader -add "Aktiv Co. Rutoken S 00 00" -name Rutoken
 - cpconfig -ом или вручную добавить в /etc/opt/cprocsp/config64.ini секции:
для подключения к процессу библиотеки связи 
[KeyCarriers\Rutoken]
DLL = "librdrrtsupcp.so"
   и, на всякий случай, в секцию 
[apppath]
"librdrrtsupcp.so" = "/usr/local/lib/librdrrtsupcp.so"
подсказка, где искать сертификаты внутри токена. Здесь 'atr' - из вывода команды 
./csptest -card -enum -v
[KeyCarriers\Rutoken\Default]
Name = "Rutoken"
atr = hex: 3b,6f,00,ff,00,56,72,75,54,6f,6b,6e,73,30,20,00,00,90,00
mask = hex: ff,ff,ff,ff,ff,ff,ff,ff,ff,ff,ff,ff,ff,ff,ff,ff,ff,ff,ff
folders = "0A00\\0B00\\0C00\\0D00\\0E00\\0F00\\1000"
Установить кодировку для служебных сообщений:
ConfigEncoding="koi8-r"
 - если повезло, увидеть содержимое криптоконтейнера:
/opt/cprocsp/bin/amd64 # ./csptest -keyset -enum_cont -fqcn -verifyc
CSP (Type:75) v3.6.5365 KC1 Release Ver:3.6.7777 OS:FreeBSD CPU:AMD64 FastCode:READY:AVX.
AcquireContext: OK. HCRYPTPROV: 34389201299
\\.\Aktiv Co. Rutoken S 00 00\le-a83fv836-02c7-9b8d-45a1-3076abcd4567
\\.\Aktiv Co. Rutoken S 00 00\RaUser-a63829db-345c-25b8-c3a5-043847fa63c8
OK.
Total:
[ErrorCode: 0x00000000]
    На 32-х разрядную FreeBSD-9.3 /i386 был успешно установлен инсталляционный пакет с сайта CryptoPRO, который подписан как "КриптоПро CSP 3.6 R4 для FreeBSD 7, 8 (x86)"	
   просмотреть сертификат, находящийся в rutoken-е:
./certmgr -list -cont '\\.\Aktiv Co. Rutoken S 00 00\RaUser-a63829db-345c-25b8-c3a5-043847fa63c8' | iconv -f utf-8 -t koi8-r  
   установить сертификат в хранилище
./certmgr -inst -cont '\\.\Aktiv Co. Rutoken S 00 00\RaUser-a63829db-345c-25b8-c3a5-043847fa63c8'  
   создать "отсоединённую" подпись в формате pks#7 для файла /tmp/t.txt с включённым в подпись сертификатом; результат выводится в файл
   /tmp/1.txt.sgn. Условие выбора сертификата '-dn' можно опустить, если в хранилище всего один сертификат.
./cryptcp -signf  -dn "INN=001231231231" /tmp/1.txt -dir /tmp -pin 12345678 -nochain -der -cert