Кто есть "СОТРУДНИКИ ОРГАНА КРИПТОГРАФИЧЕСКОЙ ЗАЩИТЫ"? (это подразделения в обязанности которых входит непосредственно обеспечение информационной безопасности или же это сотрудники удостоверяющего центр)?
Ответ: Орган криптографической защиты разрабатывает и осуществляет мероприятия по организации и обеспечению безопасности хранения, обработки и передачи с использованием СКЗИ конфиденциальной информации. Органом криптографической защиты может быть организация, структурное подразделение организации - лицензиата ФАПСИ, обладателя конфиденциальной информации. Функции органа криптографической защиты могут быть возложены на физическое лицо. Наличие лицензии обязательно у организации и ИП, оказывающих услуги сторонним обладателям конфиденциальной информации. Функции Органа криптозащиты могут быть возложены и на подразделение (которое может называться «Удостоверяющий центр»).
Основание: п.6 Инструкции и примечание 7 к Инструкции

2. Обучение. Могу ли я пройдя обучение в учебной центре "Информо-Защите" и получив сертификат проводить обучение с пользователями СКЗИ. Проверяющие клонили к тому, что обучение должны проводить лицензированные конторы, а при наличии более ста пользователей это будет накладно.
Ответ: Образовательная деятельность, осуществляемая путем проведения разовых занятий различных видов (в том числе лекций, стажировок, семинаров) и не сопровождающаяся итоговой аттестацией и выдачей документов об образовании, деятельность по содержанию и воспитанию обучающихся и воспитанников, осуществляемая без реализации образовательных программ, а также индивидуальная трудовая педагогическая деятельность не подлежат лицензированию.
Как собираетесь обучать пользователей? Какую образовательную деятельность вы собираетесь осуществлять? Если вы не будете проводить аттестацию обучающихся и выдавать документы (обучение будет подтверждаться, скажем подписью обученного в каком-нибудь журнале) тогда вам не нужна лицензия.
Основание: п.4 Положения о лицензировании образовательной деятельности (утв. постановлением Правительства РФ от 16 марта 2011 г. N 174).

3. У меня есть журнал учета персональных ключевых носителей (чем и является смарт-карта етокен), по которому я и выдаю ЭПшки. Разве должен я учитывать их еще раз?
Ответ: Надо вести учет используемых и выдаваемых ключевых носителей и СКЗИ в журнале установленной формы.
Основание: п.26 и 27 Инструкции утвержденной приказом ФАПСИ №152.

Евгении2013
Вы о каком обучении спрашиваете?
Про обучение сотрудников органа криптозащиты или пользователей (обычных работников организации, которые не являются сотрудниками органа криптозащиты)?
Требования по образованию сотрудников органа криптозащиты содержатся в лицензионных требованиях (утв. Постановлением Правительства № 313). Такие сотрудники должны иметь образование полученное только в учебных заведениях, имеющих соответствующую лицензию.
По образованию пользователей, которые не являются сотрудниками органа криптозащиты. Пользователи проходят обучение правилам пользования СКЗИ. Такое обучение проводят работники органа криптозащиты организации- лицензиата. На такое обучение лицензия вашей организации не нужна ( вас обучают технике безопасности, проводят инструктажи по охране труда и т.п.)? Но обучение пользователей проводить обязательно и фиксировать обучение тоже надо- оформлять заключения, регистрировать в журналах и т.п.
Как то так.

Уважаемый Amo_vivery!
За ключом может приехать не владелец сертификата (пользователь СКЗИ), а курьер- доверенное лицо (водитель, секретарь и т.д.), который может и не является пользователем СКЗИ.
А поступать нужно в порядке регламентированном нормативными актами(см. п.19 инструкции, утвержденной приказом ФАПСИ № 152.
Что касается проверки контролирующими органами. Проверка организаций – обладателей конфиденциальной информации, как правило, не проводится, проверяют лицензиатов ФСБ, у которых должны быть созданы органы криптозащиты, которые и должны обучать пользователей. Заключение о подготовке пользователя СКЗИ будет иметь вес (см. п.19 и п.21 Инструкции утв. Приказом ФАПСИ №152).

В п 19. (только во втором абзаце, имейте терпение дочитывать до конца) как раз и говорится, что полномочия органа криптозащиты по допуску физлиц к работе с СКЗИ осуществляются только в отношении подчиненных им должностных лиц, т .е. в рамках только одного юрлица.
Ведь работники одной коммерческой организации не могут подчиняться работникам другой коммерческой организации (для госструктур могут быть исключения).
Удачи и терпения вам, Amo_vivery.