Ранее Юрий Маслов писал, что учет лицензий на право использования СКЗИ ведется в журнале учета лицензий. Возникает вопрос, лицензии с истекшим сроком действия нужно уничтожать по акту? Или есть другие способы отметить факт уничтожения в журнале?

Журнал учёта лицензий - это форма выполнения требований ФСБ России по учёту СКЗИ. Так как СКЗИ состоит из двух частей (дистрибутив и лицензия на право использования), то и журналы ведут разные. Но можно вести и в одном жрунале, но просто неудобно.
Предназначение учёта СКЗИ - знать что-когда-от кого получено и что-когда-кому передано. И никак это не относится к сроку действия прав!!!
Лицензии не могут быть уничтожены по акту. Это срочное право. По закону у любой лицензии есть срок действия (часть 1 статьи 1230 ГК РФ и часть 4 статьи 1235 ГК РФ): год или полгода или семь с половиной недель или в течение всей жизни автора, пережившего других соавторов, и семидесяти лет, считая с 1 января года, следующего за годом его смерти. Как видите, рукописи не горят. Они сами умирают :-)

И в журнале учёта лицензий этот факт отмечать не нужно.