Здравствуйте!

Вот ответы на Ваши вопросы:
1. Нет, никакого сертификата ФСБ на программное приложение получать не нужно. Контроля встраивания со стороны ФСБ тоже делать не нужно.
2. Если Вы сами будете пользоваться этим приложением и не будете передавать его иным лицам, то лицензии не нужны. В противном случае, Вам понадобится лицензия ФСБ на следующие работы:
2. Разработка защищенных с использованием шифровальных (криптографических) средств информационных систем.
8. Производство защищенных с использованием шифровальных (криптографических) средств информационных систем.
13. Монтаж, установка (инсталляция), наладка защищенных с использованием шифровальных (криптографических) средств информационных систем.
17. Ремонт, сервисное обслуживание защищенных с использованием шифровальных (криптографических) средств информационных систем.
20. Работы по обслуживанию шифровальных (криптографических) средств, предусмотренные технической и эксплуатационной документацией на эти средства (за исключением случая, если указанные работы проводятся для обеспечения собственных нужд юридического лица или индивидуального предпринимателя).
22. Передача защищенных с использованием шифровальных (криптографических) средств информационных систем.
3. По первому вопросу: на Положение ПКЗ-2005. По второму вопросу: на части 1 статьи 2 Гражданского кодекса РФ (это сами пишете приложение и только сами его используете) и на (при передаче иным лицам) 99-ФЗ "О лицензии отдельных видов деятельности" и Постановление Правительства РФ от 16 апреля 2012 г. № 313.