Для беглой диагностики используйте тестовую страницу браузерного плагина КриптоПро - здесь под нужным вам пользователем должен быть виден сертификат со ссылкой на закрытый ключ и должно быть можно сделать подпись. Приложите всё, что написано в на странице в блоках "диагностика", "информация о сертификате" и "Возникла ошибка". Больше диагностических деталей можно получить в КриптоПро WebTools. Диагностика работы токенов и смарт-карт, где вероятно у вас и возникла проблема, всегда примерно одинаковая: раз, два. Запустите под root и пользователем и пришлите результаты.