Продукт "КриптоПро CSP", сам по себе, как и любой другой CSP, не работает с сертификатами.
Но, например, "КриптоПро WinLogon" (при наличии клиентской лицензии) умеет автоматически устанавливать линый сертификат со вставленной смарткарты (а также eToken, ruToken) в хранилище сертификатов Windows "Личные" с привязкой к секретному ключу.
Для установки сертификатов без привязки к секретному ключу (т.е. сертификатов Центров сертификации и сертификатов других пользователей) можно использовать функции CryptoAPI или ряд готовых приложений (например, cryptcp, КриптоАРМ)