CAdESSignature cadesSignature = new CAdESSignature(true);
cadesSignature.addSigner(
JCSP.PROVIDER_NAME, // Криптопровайдер для хеширования и подписи.
null, // Идентификатор алгоритма хэширования. Может быть null. Если задан, то используется при создании запроса к TSP службе и в архивной подписи.
null, // Идентификатор алгоритма шифрования. Не используется, может быть null.
privateKey, // Закрытый ключ для подписи.
certs, // Цепочка сертификатов подписанта. Должна содержать как минимум один сертификат (сертификат подписи).
CAdESType.CAdES_BES, // Тип создаваемой подписи.
null, // Адрес TSA службы (для CAdES-T или CAdES-X Long Type 1). Может быть null.
false, // True, если подпись заверяющая.
null, // Таблица подписанных аттрибутов для добавления в подпись. Может быть null.
null, // Таблица неподписанных аттрибутов для добавления в подпись. Может быть null.
null, // Список CRL для проверки цепочки сертификатов подписанта или цепочки сертификатов штампа времени при создании подписи формата CAdES-BES или CAdES-T. Может быть null.
true // True, если следует добавить всю цепочку сертификатов в подпись. Игнорируется в случае CAdES-X Long Type 1 и CAdES-A.
);

// Поток для получения сформированной подписи.
final ByteArrayOutputStream outSignatureStream = new ByteArrayOutputStream();
cadesSignature.open(outSignatureStream); // подготовка контекста
// Создаём поток с данными для подписи
byte[] dataStream = Base64.getDecoder().decode(data);
cadesSignature.update(dataStream);
// Завершаем создание подписи
cadesSignature.close();
outSignatureStream.close();
// CAdES-BES подпись.
byte[] cadesByteSignature = outSignatureStream.toByteArray();
return new String(Base64.getEncoder().encode(cadesByteSignature));

Здравствуйте.
Не совсем понятно, что имеется в виду под "представлен в виде ... хэша"?
В приведенном примере подписываются данные dataStream (декодированный data). В ходе создания подписи считается хэш от dataStream, помещается в подписанные атрибуты (message-digest), затем подписанные атрибуты хэшируется и вычисляется подпись.
Подпись формируется верно, создается отделенная CAdES-BES подпись с вложенной цепочкой сертификатов.

CAdESSignature cadesSignature = new CAdESSignature(true, true);