Имеет pfx с сертификатом и ключом созданного с помощью sun security или bouncycastle(т.е. шифрование ключа в контейнере не гост алгоритмами) ну или отдельного сертификат и незапароленный приватный ключ.
Требуется сформировать pfx формата КриптоПро(т.е. с тем самым 1.2.840.113549.1.12.1.80)
Есть ли такая возможность обычными средствами криптопро?

Т.е. после импорта созданного pfx приватный ключ и сертификат помешаются в хранилище крипто про(например, реестр)

Попробовать скормить pfx КриптоПро можно. Если сам pfx нормальный, то все должно заработать.
Просто ключ и сертификат не получится. Из нужно в pfx сперва "сложить", а потом уже pfx скормить КриптоПро.
Сделать это можно тем же BC, или же openssl.