Добрый день!
Тут был бы интересен пример сбойного сообщения (прикрепленным файлом или ссылкой на облако), чтобы понять, что именно "перекосилось".
Если просто гадать на кофейной гуще:
1) если СМЭВ 3 отклоняет Ваш первоначальный запрос проверьте версию КриптоПро .NET - реализация алгоритма трансформа ГОСТ добавляется в нем и правилась несколько раз. Предположу, что с ГИС ГМП или с чем-то подобным разбираетесь? У нашего Комитета по управлению муниципальным имуществом (на основе ПО "БАРС-Имущество") сообщения не принимались СМЭВ 3 без установки КриптоПро .NET 1.0.7132. Для полноты - ОС Windows Server 2016, то есть дотнет из коробки был не какой-нибудь 4.0 версии, но все равно не справился.

Необходимость установки КриптоПро .NET не оговаривалась разработчиком и вышли дополнительные затраты. Без действительной лицензии с установленным КриптоПро .NET на сервере все время выходило окно напоминания и подключение к сервису на сервере работало через раз;
2) если кириллица в именах тегов, то это надо разбирать отдельно. Кириллица в адресах пространства имен, это вообще тяжелый случай, не регламентированный зарубежным стандартом, большинство средств проверки на этом запинается.
3) если не проходит проверку ответ от ведомства, то надо уточнить по какой версии протоколов идет обмен со СМЭВ 3. В доступе есть адрес для версии 1.1 и 1.2 на которых новшеств меньше и адрес версии 1.3 на котором внедряются самые свежие идеи от Минцифры. Если обмен происходит между 2 ведомствами с разной версией протокола, то СМЭВ преобразует сообщение и при этом портится ЭП-ОВ исходной стороны. В методических рекомендациях по этому поводу говорится, что надо проверять ЭП-СМЭВ, проверка ЭП-ОВ необязательна, своей подписью ЭП-СМЭВ СМЭВ гарантирует, что ЭП-ОВ была верна на момент получения сообщения в СМЭВ до преобразования. ГИС ГМП вроде бы до сих пор на 1.2, так что если надо проверять ЭП-ОВ, то запрос должен быть на той же версии.