Все началось со смены пользователя на комьютере, пришлось повторно установить сертификаты, но при запуске Контур список сертификатов открывался пустым. Переустановил крипто-про, заново добавил сертификаты, но проблема осталась.
Техподдежрка обновила мне фалйы сертификатов, установил повторно, проблема осталась.
Было решено переустановить Windows. Но и это не помогло!
После переустановки проблема в точности сохранилась, хотя была поставлена самая последняя версия Крипто-Про.
Сертификаты, добавленные через крипто-про, можно также просмотреть через свойства обозревателя Internet Explorer на вкладке Содержание->Конфиденциальность в разделе Личные, однако при обращении к сайту список сертификатов отображается пустым.
Пожалуйста помогите!!!

Это может означать что сертификаты недействительны, или невозможно проверить издателя. Возможно вы не установили промежуточные сертификаты под новым пользователем.
PS Вопросы, связанные с Контур-Экстерн логичнее задавать тут http://forum.kontur-extern.ru