Здравствуйте.
Конфликтов вроде как быть не должно.
Если пользователи домена не будут обращаться к ключам и сертификатам, то все в принципе в норме. При этом я естественно предполагаю, что все базовые требования выполнены: например, пароли на учетные записи и на контейнеры достаточно сложные, не приклеены к монитору, время от времени и при увольнении пользователей меняются, на ноутбуке установлен и регулярно обновляется антивирус, устанавливаются критические по-настоящему обновления, включен брандмауэр, не пользуетесь подозрительными кряками, патчами, активаторами. Серьезность защиты также зависит от того, насколько защищена сама сеть - есть ли там возможность подключить телефон по вайфаю к сети, принести ноутбук из дома, есть ли брандмауэр между сетью и интернетом.

Если же Вы хотите каким-то образом обращаться к ресурсам ноутбука с других компьютеров, то это проблематично. Суммируя, обращаться к ноутбуку - не очень хорошая идея. Например, лучше организовать, чтобы допустим программа на ноутбуке мониторила некую папку в сети, подписывала документы и складывала в другую папку.