Добрый день.
Полагаю, высока вероятность, что проблема в приведении к каноническому виду. Можете подробнее описать как реализуете этот шаг алгоритма подписи? Средства есть разные, но не все реализуют точно по стандарту.

Если получаете где-то между каноникализацией и подписанием отдельно каноническую форму, то хотелось бы ее тоже посмотреть в виде прикрепленного файла.

По моему разумению, это пространство (оно для схем документов!) вообще там немного лишнее, но раз ФСС требует, приходится отступать от стандартов. Вообще весело выходит когда работодатель загружает только "свои" поля из 1с, а документооборот удаляет значения полей, заполненых медицинской организаций, потому что не продублированы работодателем. Думается, это как раз обработка этого "вредничающего" атрибута. Приходится потом еще раз подгружать из ФСС чтобы поля совместились.