KeyStore keyStore = KeyStore.getInstance("Rutoken lite SD 1", JCSP.PROVIDER_NAME);
keyStore.load(null, null);
JCPProtectionParameter protectedParam = new JCPProtectionParameter(password, true, true); // допускаем, что сертификата может не быть
JCPPrivateKeyEntry entry = (JCPPrivateKeyEntry) keyStore.getEntry(alias, protectedParam);
PrivateKey privateKey = entry.getPrivateKey();
X509Certificate certificate = (X509Certificate) entry.getCertificate();
...

List<String> keyStoreTypeList = new LinkedList<String>();
JCSP jcspProvider = new JCSP();
Set<Provider.Service> services = jcspProvider.getServices();
// Список типов контейнеров.
for (Provider.Service service : services) {
  if (service.getType().equalsIgnoreCase("KeyStore")) {
    keyStoreTypeList.add(service.getAlgorithm());
  } // if
} // for
keyStoreTypeList.remove(JCSP.CERT_STORE_NAME); // Это тип хранилища доверенных сертификатов.