Существует какой-нибудь способ преобразования присоединенной ЭЦП в содержимое подписанного документа и отсоединенную ЭЦП?

Да, в принципе это возможно, но простого способа нет.

Можно посмотреть в сторону CryptMsgControl(CMSG_CTRL_ADD_CMS_SIGNER_INFO), MSDN утверждает, что так можно добавлять к сообщению готовую подпись. То есть, надо будет создать отсоединённое CMS сообщение, а потом добавить к нему готовую подпись из старого сообщения. Отсоединённое CMS сообщение, возможно, придётся подписать какой-нибудь временной подписью, с использованием того же алгоритма хеширования (так как CMS хранит алгоритмы хеширования, кроме SignerInfo, ещё и в отдельном поле). После добавления настоящей подписи, временную можно будет удалить вызовом CryptMsgControl(CMSG_CTRL_DEL_SIGNER).

Еще можно попробовать декодировать сообщение с присоединённой ЭЦП с помощью CryptDecodeObject(X509_SEQUENCE_OF_ANY), добраться до вложенных данных в encapContentInfo, удалить это поле, и закодировать обратно с помощью CryptEncodeObject(X509_SEQUENCE_OF_ANY).