Что-то подозрение, что может быть никак не связано с КриптоПро - за два дня всякое могло случиться помимо Криптопро. Не так давно пару часов убил на отключенный от компа месяц назад принтер - в итоге оказалось дело было именно в конкретном (зависшем месяц назад) задании, причем его никак не давало удалить с "отказом доступа". Я бы посоветовал удалить все задания (и в окне принтера и в служебной папке на компьютере - пока задания висят удалить принтер не выйдет), удалить принтер, перезапустить диспетчер печати (это форсирует удаление принтера), отключить-включить сам принтер (принтер тоже может зависнуть, да и отключение нужно для перезапуска USB устройства) и установить драйвер принтера заново. Обычно что-то из этого помогает и в конце последовательности начинает работать.

Я бы наверно поделил его на 2 части - программная и аппаратная. Если выключили-включили принтер (кнопкой на нем) и выключили-включили провод от принтера к компьютеру (следите чтобы не перегибался - когда разъем сзади, а потом провод идет вперед, если провод внатяжку то будет перегиб; не передавливался мебелью; но в то же время некоторые модели не любят неэкранированных или длинных проводов. идеально если провод шел с принтером, метра полтора, серебристый экранированный с ферритовым кольцом), на принтере нормальная индикация - больше вероятность программной проблемы и аппаратную часть можно отложить. Все там сбои бумаги, картриджа и т.д. обычно дают иную индикацию принтера. Хотя, например, возможно что счетчик страниц картриджа достиг максимума и конкретная модель принтера это "замалчивает". У нас есть один такой Samsung - на стартовом картридже нет рычажка сброса счетчика, поэтому после заправки счетчик не обнуляется. Просто мы его уже "знаем" и приходится пальцем имитировать наличие рычажка когда он в очередной раз молча перестает печатать.

По программной части - проверка заражения вирусом займет много времени и изменение переменных среды тоже встречается редко - их можно отложить в долгий ящик. В первую очередь конечно стоит проверить тот ли принтер, отпределяется ли вообще и не отложенная ли печать. Не спешите пропускать пункт "тот ли принтер" если у Вас один принтер - есть еще встроенные программные принтеры и многие принтеры создают свои копии когда подключены не в тот USB порт. Особенно это актуально когда на компьютере сзади 10 USB портов или используется переходник LPT-USB. Переходник практически при каждом включении создает новую идентификацию принтера и драйвер делает еще одну копию принтера. Диагностику я обычно не делаю, но возможно поможет в начале если выявит на каком-то этапе проблему с которой не справится на автомате, этот этап скорее и есть проблема.