Добрый день! Причин может быть очень много, лично я советую начинать с банальных (загрузка ресурсов системы - ОЗУ/Диск/ЦП, верная ли настройка DNS серверов, помониторить исходящие сетевые пакеты). Очень похоже на отработку какого-то таймаута при сетевом обращении (например, при формировании подписи Long Type производится несколько сетевых запросов).

В каком режиме стартует приложение (как служба или обычное приложение), количество сертификатов на сервере "видимых" приложению (некоторые приложения дают задержку пропорционально квадрату количества сертификатов - плагин госуслуг, например), формируется обычная подпись или Long Type, разные ли версии CSP/плагина на сервере и десятке, какой антивирус, есть ли зависимость проблемы от времени и т.д. Чем больше подробностей, тем легче выявить причину.