Вопрос связан с уже поднимаемой темой (http://www.cryptopro.ru/cryptopro/forum2/default.aspx?g=posts&t=924).
Похожая ситуация - своя банковская ЭДО и необходимость использовать сертифицированное СКЗИ, ЭДО не для внутреннего использования,
т.к. обслуживаются сторонние юридические и физические лица, гос. тайны нет.

Какую лицензию необходимо иметь для разработки ЭДО со СКЗИ - лицензия ФСБ на разработку защищенных с использованием шифровальных (криптографических) средств информационных и телекоммуникационных систем?

Хочу спросить про тематические исследования корректности встраивания СКЗИ в ФСБ:
- необходимо ли их проводить или можно эксплуатировать ЭДО без этого исследования?
- какой статус после положительного заключения появляется у ЭДО?
- должна ли быть лицензия на разработку шифр. средств у разработчика ЭДО для их проведения
или же можно проводить тематические исследования корректности встраивания СКЗИ не имея лицензии у разработчика ЭДО?

"ЭДО не для внутреннего использования, т.к. обслуживаются сторонние юридические и физические лица".
Почему не для внутреннего использования? Вы собирааетесь продавать программное обеспечение ЭДО другим банкам или организациям? Сторонние юридические и физические лица - клиенты Банка и работают в системе ЭДО как клиенты банка. Поэтому я считаю, что Банку для разработки такой ЭДО никаких лицензий не требуется.

- необходимо ли их проводить или можно эксплуатировать ЭДО без этого исследования?
Ответ: дело добровольное. Можете эксплуатировать ЭДО без этого исследования.
- какой статус после положительного заключения появляется у ЭДО?
Ответ: никакой. Просто у Вас будет выписка из заключения и Вы можете её хвастаться перед клиентами и говорить "а вот у нас ЭТО есть! А у других банков нет!" :-)
- должна ли быть лицензия на разработку шифр. средств у разработчика ЭДО для их проведения
Ответ: да, должна быть.
или же можно проводить тематические исследования корректности встраивания СКЗИ не имея лицензии у разработчика ЭДО?
Ответ: да, можете провести анализ корректности встраивания у разработчика СКЗИ.

128-ФЗ "О лицензировании отдельных видов деятельности" гласит, что отдельные виды ДЕЯТЕЛЬНОСТИ (перечень в статье 17) подлежат лицензированию. Если для себя - это же не деятельность, а обеспечение своей работы. А вот если Вы продаете или передаете результаты своего труда сторонним лицам - то Вы совершаете деятельность. Вот эту деятельность и контролируют разрешительные органы, что бы она осуществлялась правильно и не нарушала интересы безопасности этих лиц и государства в целом.

Вот такое обоснование и ключевое понятие в нем - деятельность.