Спасибо, Юрий Геннадьевич, огромное Вам за разъяснения!
Теперь почти все ясно. Почему "почти":
- переносим "старый" УЦ на отдельную "железку" для обслуживания СОС;
- разворачиваем с "нуля" новый УЦ на пока на "старом" корневом сертификате, работаем и ждем требований к корневому;
- как только появятся требования мы без особых усилий выпускаем по этим требованиям новый корневой (1.5 R2, нам же позволит безболезненно это делать?) да и все

Я же ничего не упустил?

Так вот вопрос: у меня на "старом" УЦ есть N пользователей. После того, как я перенесу их на другое железо, на новом УЦ у меня пойдет отсчет пользователей с нуля же? Это как со стороны лицензионности ПАК?

Как поступать с доменными именами. Для нового корневого нужно создавать новое доменное имя? Или можно работать со старым?

Остается небольшой вопрос, как за оставшееся время успеть перевыпустить сертификаты пользователей чтобы они были квалифицированными. Ведь сертификаты выпущенные согласно ФЗ-1 будут считаться квалифицированными только до 1 июля...

Все сертификаты, изготовленные согласно 1-ФЗ будут считаться квалифицированными до конца срока своего действия. Это все ЭЦП, сформированные до 1 июля 2012 года будут считаться квалифицированными электронными подписями!

А что комментировать? Методические рекомендации Минкомсвязи или то, что приказ ФСБ №795 от 27.12.2011 не был опубликован в "Российской газете" и в Бюллетене нормативных актов федеральных органов исполнительной власти государственного учреждения, как это предписано Указом Президента РФ от 23 мая 1996 года N 763.

Минкомсвязи в своём праве дать официальные разъяснения по применению ЭП, как уполномоченный федеральный орган.

А Вас не будут наказывать за невыполнение содержащихся в приказе ФСБ №795 от 27.12.2011 предписаний. Просто подпись не признают квалифицированной электронной подписью :-) Ну а Вы имеете право оспорить это, ссылаясь на статью 10 Указа Президента РФ от 23 мая 1996 года N 763
Цитирую:
10. Нормативные правовые акты федеральных органов исполнительной власти, кроме актов и отдельных их положений, содержащих сведения, составляющие государственную тайну, или сведения конфиденциального характера, не прошедшие государственную регистрацию, а также зарегистрированные, но не опубликованные в установленном порядке, не влекут правовых последствий, как не вступившие в силу, и не могут служить основанием для регулирования соответствующих правоотношений, применения санкций к гражданам, должностным лицам и организациям за невыполнение содержащихся в них предписаний. На указанные акты нельзя ссылаться при разрешении споров.