ЦС будет выпускать 2 СОС, если у Вас оба корневых сертификата еще действительны, именно срок действия сертификата, а не закрытго ключа. Например, у Вас сейчас 2 корневых сроком действия на 5 лет каждый, Вы через год провели плановую смена, у Вас для 1-го корневого сертификата срок его действия 2011+еще 4 года (с учетом что он выпущен в 2010 году минус один год), для второго 2011+5,т.е. до 2015, т.е. до 2015 года для него будут выпускаться СОС, а после 2015 уже нет, т.к. истечет срок его действия.

У Вас имеется 2 корневых сертификата, и их обоих разные идентификаторы ключа, все выпущенные ранее сертификаты подписаны первым корневым, все выпущенные на втором корневом (после его замены) будут подписаны вторым, на ЦР задание по переносу СОС, настраивается именно по идентификаторы ключа, т.е. Вам главное выбрать второй корневой сертификат, чтобы СОС переносились для обоих.

Т.е. вывод, Вы производите замену корневого сертификата, и Вам нужно:
1. Настроить задание по переносу СОС.
2. Поменять ссылку на точку CDP на ЦС, убрать от старого, и "вписать" новую, что бы новые выпущенные сертификаты "ходили" по нужной точке CDP.
В старых сертификатах останется старая CDP и они будут нормальные, в новых будет новая CDP.

PS: написал сумбурно скорее всего, если будут вопросы задавайте.