Спасибо за подсказку, действительно дело было в polkit. Добавил следующее правило для пользователя "user_name" в каталог /usr/share/polkit-1/rules.d и программа из под systemd заработала.

polkit.addRule(function(action, subject) {
if (action.id == "org.debian.pcsc-lite.access_pcsc" &&
subject.user == "user_name") {
return polkit.Result.YES;
}
});

polkit.addRule(function(action, subject) {
if (action.id == "org.debian.pcsc-lite.access_card" &&
subject.user == "user_name") {
return polkit.Result.YES; }
});