Тут как обычно делают, если это Крипто-АРМ используют команду подписать и зашифровать, получается файл report.xml превращается в report.xml.sig.zip.enc,
вот у меня заархивировать и зашифровать zip.enc получается, а подпись sig не проходет, эта же подпись sig проходет через Крипто-АРМ ... Такие дела

ToBase64String - что делает?
Кодирует в base64.

А на сайте ждут присоединенную CMS в base64.
Необходимо еще добавить служебную часть:
----- .... А
base64
----- .... Б

А и Б - напишу чуть позже

для подписи:
----- BEGIN PKCS7 SIGNED -----
base64
----- END PKCS7 SIGNED -----



для зашифрованных данных:
----- BEGIN PKCS7 ENCRYPTED -----
base64
----- END PKCS7 ENCRYPTED -----

Нет.

Сертификат в архиве был отозван УЦ.

Вроде все сделал добавил надписи служебные, ошибка осталась, меня смущает размер подписанного файла, он всегда больше чем должен быть ...
public static void Sign(string _path, X509Certificate2 cert)
{
byte[] msgBytes = System.IO.File.ReadAllBytes(_path);
ContentInfo contentInfo = new ContentInfo(msgBytes);
SignedCms signedCms = new SignedCms(contentInfo);

CmsSigner cmsSigner = new CmsSigner(cert); //{DigestAlgorithm = cert.SignatureAlgorithm}; //Здесь возможно что-то нетак

cmsSigner.SignedAttributes.Add(new Pkcs9SigningTime());

signedCms.ComputeSignature(cmsSigner);
byte[] encodedMsg = signedCms.Encode();

string base64String;
try
{
base64String =
System.Convert.ToBase64String(encodedMsg,
0,
encodedMsg.Length);
}
catch (System.ArgumentNullException)
{
System.Console.WriteLine("Binary data array is null.");
return;
}

//----- BEGIN PKCS7 SIGNED -----
base64String = "----- BEGIN PKCS7 SIGNED -----" + "\r\n" + base64String;
//----- END PKCS7 SIGNED -----
base64String = base64String + "\r\n" + "----- END PKCS7 SIGNED -----";

// Write the UUEncoded version to the output file.
System.IO.StreamWriter outFile;
try
{
outFile = new System.IO.StreamWriter(_path + ".sig",
false,
System.Text.Encoding.ASCII);
outFile.Write(base64String);
outFile.Close();
}
catch (System.Exception exp)
{
// Error creating stream or writing to it.
System.Console.WriteLine("{0}", exp.Message);
}

}