командная строка утверждает что все введено успешно, но программа выдает

1 - да там был выбор, выбрал в DER
UCSertum-Pro.der

Вы действительно импортировали сертификат?
"F:/J_crypto_home/cades/UCSertum-Pro_Sert/" - это действительно путь и имя файла с сертификатом?

Отредактировано пользователем 26 ноября 2012 г. 0:03:20(UTC)  | Причина: Не указана

Посмотрите в <JRE>/bin/javacpl.exe - в сертификатах на вкл. Security (Signer CA), есть там ваш корневой.
И пришлите мне цепочку - клиентский и корневой, я в pm написал.

В логе у вас издатель сертификата стоит
CN=UC Sertum-Pro, O=ООО Сертум-Про, L=Екатеринбург, C=RU, EMAILADDRESS=ca@sertum-pro.ru

А в предыдущем сообщении -

CN=УЦ ООО «Сертум-Про» (Qualified),
OU=Служба ИТ,
O=ООО «Сертум-Про»,
L=Екатеринбург,
ST=66 Свердловская область,
C=RU,
EMAILADDRESS=ca@sertum-pro.ru,
STREET=ул. Ульяновская д. 13А,
OID.1.2.643.3.131.1.1=#120C303036363733323430333238,
OID.1.2.643.100.1=#120D31313136363733303038353339

У самоподписанного корневого сертификата издатель (issuer) соответствует субъекту (subject), а у вас это не так, значит, это не тот корневой.
Вам нужен корневой сертификат с issuer: CN=UC Sertum-Pro, O=ООО Сертум-Про, L=Екатеринбург, C=RU, EMAILADDRESS=ca@sertum-pro.ru.
В pm написал новый адрес для отправки (можете получить элементы переменной chain и сохранить их в файлы, а также положить корневой, он у вас уже есть), но проблема, видимо, в том, что у вас не тот корневой.

P.S. Получив сертификат подписи (клиентский), посмотрите в его составе, там может быть ссылка на корневой сертификат (Доступ к сведениям центра сертификации).

Отредактировано пользователем 26 ноября 2012 г. 0:48:24(UTC)  | Причина: Не указана