Нет, это не теже самые пользователи! Физические люди (сущности) одни, а как пользователи (носители гражданских прав и обязанностей) - другие! Тут человек представляет одну организацию, имеет от этой организации полномочия. Всё это отражено в сертификате ключа подписи и в реестре удостоверяющего центра. Потом он переходит в другую организацию. И у него от этой организации появляются новые права и обязанности!!! Поэтому удалять пользователей НЕЛЬЗЯ!
Вся эта логика нашла отражение в приказе Министерства культуры и массовых коммуникаций Российской Федерации, которое является уполномоченным федеральным органом в области делопроизводства.

В соответствии с приказом от 31 июля 2007 г. N 1182 Министерства культуры и массовых коммуникаций Российской Федерации (зарегистрировано в Минюсте РФ 27 сентября 2007 г. N 10194), удостоверяющий центр (как автор документа) должен хранить сертификат ключа подписи на электронном носителе в течении 10 лет у себя в организации. После истечения 10-летнего срока временного хранения, сертификат ключа подписи подлежит экспертизе ценности и отбору на постоянное хранение. Экспертиза обязательна организациям всех форм собственности, являющимися источниками комплектования федеральных государственных архивов, государственных архивов субъектов Российской Федерации и муниципальных архивов. Остальные организации, не являющиеся источниками комплектования федеральных государственных архивов, государственных архивов субъектов Российской Федерации и муниципальных архивов, могут не проводить экспертизу и не передавать на постоянное хранение.

Согласно указанного выше приказа от 31 июля 2007 г. N 1182, к реестру сертификатов ключей подписей применяется режим постоянного хранения. Это означает, что если удостоверяющий центр представляет собой организацию, являющуюся источником комплектования федеральных государственных архивов, государственных архивов субъектов Российской Федерации и муниципальных архивов, то передаёт реестр сертификатов ключей подписей в соответствующие архивы по истечении сроков их хранения в организациях, установленных законодательством Российской Федерации. А если удостоверяющий центр представляет собой организацию, не являющуюся источником комплектования федеральных государственных архивов, государственных архивов субъектов Российской Федерации и муниципальных архивов, то хранит реестр сертификатов ключей подписей до ликвидации организации, после чего реестр сертификатов ключей подписей подлежит экспертизе ценности, отбору и передаче на постоянное хранение в установленном порядке.

Да, Вы правы. Если большая миграция пользователей, то целесообразней оформлять сертификат не на физлицо, а на уполномоченное лицо организации, указывая в ней идентификационные данные владельца без ФИО.

1. Не вижу никаких нарушений.
2. Возможность внесения изменений в ряд идентификационных данных появиться в "КриптоПро УЦ" версии 2.0

Почему "старя подпись будет неверна"?!?! Как раз она и верная, потому что на тот момент это было ИСТИННОЙ! Если Вы удалите, то к Вам придут через 10 лет и спросят "докажите, что Иванова И.И. была владельцем сертификата ключа подписи?". И что Вы будете делать? Ведь по закону брямя доказывания факта обладания ключём и сертификатом лежит на УЦ.

Т.е. за эти три дня вы ему выпустили сертификат в его отсутствии? Вы понимаете, что вы делаете?