KeyStore store = KeyStore.getInstance("CertStore", "JCP");
store.load(new FileInputStream("/path/to/cert/store"), "store_password".toCharArray());

Enumeration aliases = store.aliases();
while (aliases.hasMoreElements()) {
    String alias = (String) aliases.nextElement();
    System.out.println("Current alias: " + alias);
    if (store.isCertificateEntry(alias)) {
         System.out.println( ((X509Certificate)store.getCertificate(alias)).getSubjectDN() );
    }
}