Если честно затрудняюсь ответить почему установлена конкретно эта версия, взял первую с офиц сайта, в случае трудностей могу переустановить, а есть ли возможность как то сделать через cryptcp.exe?

CryptCP 5.0 (c) "КРИПТО-ПРО", 2002-2024.
Утилита командной строки для подписи и шифрования файлов.
-instcert установить сертификат из файла PKCS #7 или файла сертификата
Формат команды:
cryptcp -instcert [-provtype <N>] [-provname <CSP>] [-cont <имя>] [-ku|-km]
[-dm[<название>]|du[<название>]][-nocsp|-from_request] [-pin <пароль>|-askpin]
<имя файла>

-provtype <N> тип криптопровайдера (по умолчанию 80)
-provname <CSP> имя криптопровайдера
-cont <имя> задать имя ключевого контейнера (по умолчанию выбор из списка)
-ku использовать контейнер пользователя (CURRENT_USER)
-km использовать контейнер компьютера (LOCAL_MACHINE)
-dm установить в хранилище компьютера (LOCAL_MACHINE)
-du установить в хранилище пользователя (CURRENT_USER)
<название> название конечного хранилища (по умолчанию "My")
-nocsp не устанавливать сертификат в контейнер
-from_request выбрать контейнер в соответствии со сделанным ранее запросом
-pin <пароль> пароль ключевого контейнера
-askpin запросить пароль ключевого контейнера из консоли (только UNIX)
<имя файла> имя файла, содержащего сертификат


Примеры:
cryptcp -instcert -cont '\\.\HDIMAGE\cont' mycert.cer
Установить сертификат mycert.cer в контейнер cont на указанном носителе,
а также в хранилище Личное (My) текущего пользователя с привязкой к контейнеру