Здравствуйте.
Фактически, функционал этих примеров перенесен в примеры SignFileExample, ValidateXMLSig пакета JCPxml.dsig.internal.xmldsigri.tests архива samples-sources.jar. Для создания подписи формата PKCS#7 нужно использовать примеры CMS, CMSSign, CMSVerify из пакета CMS_samples того же архива.

log4j:WARN No appenders could be found for logger (org.apache.xml.security.Init).
log4j:WARN Please initialize the log4j system properly.
log4j:WARN See http://logging.apache.or...4j/1.2/faq.html#noconfig for more info.
Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: org/apache/xml/security/exceptions/AlgorithmAlreadyRegisteredException
at ru.CryptoPro.JCPxml.xmldsig.JCPXMLDSigInit.init(Unknown Source)
at JCPxml.dsig.internal.xmldsigri.tests.SignFileExample.main0(SignFileExample.java:224)
at JCPxml.dsig.internal.xmldsigri.tests.SignFileExample.main(SignFileExample.java:202)
at com.itprofix.srv.crypto.Solution.main(Solution.java:45)
Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: org.apache.xml.security.exceptions.AlgorithmAlreadyRegisteredException
at java.net.URLClassLoader.findClass(URLClassLoader.java:381)
at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:424)
at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:357)
... 4 more

<dependency>
<groupId>org.apache.santuario</groupId>
<artifactId>xmlsec</artifactId>
<version>1.5.0</version>
</dependency>

SignFileExample signFileExample = new SignFileExample();
String inputFile = "C:\\Users\\MainUser\\workspace\\smx\\CryptoInput.txt";
String outputFile = "C:\\Users\\MainUser\\workspace\\smx\\CryptoOutput.txt";
String provider = "JCP";
String method = "CERT";

String[] testArray = new String[4];
testArray[0]=inputFile;
testArray[1]=outputFile;
testArray[2]=provider;
testArray[3]=method;

try {
signFileExample.main(testArray);
} catch (Exception e) {
e.printStackTrace();
}

Посмотрите https://www.cryptopro.ru....aspx?g=posts&t=3919 ,возможно, библиотеки лежат в разных местах.

java.lang.ClassCastException: content[0] is not a valid X509Data type
at ru.CryptoPro.JCPxml.dsig.internal.dom.DOMX509Data.<init>(DOMX509Data.java:68)
at ru.CryptoPro.JCPxml.dsig.internal.dom.DOMKeyInfoFactory.newX509Data(DOMKeyInfoFactory.java:93)
at com.itprofix.srv.crypto.SignFileExample.main0(SignFileExample.java:427)
at com.itprofix.srv.crypto.SignFileExample.main(SignFileExample.java:245)
at com.itprofix.srv.crypto.Solution.main(Solution.java:40)

// Создаем X509Data, содержащий сертификат.
X509Data x509d = keyInfoFactory.newX509Data(Collections.singletonList(cert));

System.out.println("cert:");
System.out.println(cert);
System.out.println("keyStore:");
System.out.println(keyStore);
System.out.println("keyStore.getDefaultType():");
System.out.println(keyStore.getDefaultType());
System.out.println("keyStore.getType():");
System.out.println(keyStore.getType());
System.out.println("keyStore.getProvider():");
System.out.println(keyStore.getProvider());
System.out.println("SpecUtility.DEFAULT_ALIAS:");
System.out.println(SpecUtility.DEFAULT_ALIAS);
System.out.println("keyStore.getCertificate(SpecUtility.DEFAULT_ALIAS):");
System.out.println(keyStore.getCertificate(SpecUtility.DEFAULT_ALIAS));

cert:
null
keyStore:
java.security.KeyStore@1fc268b
keyStore.getDefaultType():
jks
keyStore.getType():
HDImageStore
keyStore.getProvider():
JCP version 0.0
SpecUtility.DEFAULT_ALIAS:
DEFAULT_CERT_FILE = C:\Users\MainUser\workspace\temp\gost_dup.cer
gost_dup
keyStore.getCertificate(SpecUtility.DEFAULT_ALIAS):
[
[
Version: V3
Subject: CN=gost_dup
Signature Algorithm: 1.2.643.2.2.3, OID = 1.2.643.2.2.3

Key: ru.CryptoPro.JCP.Key.GostPublicKey
Validity: [From: Thu Dec 20 18:02:42 YEKT 2018,
To: Wed Mar 20 18:12:42 YEKT 2019]
Issuer: CN=CRYPTO-PRO Test Center 2, O=CRYPTO-PRO LLC, L=Moscow, C=RU, EMAILADDRESS=support@cryptopro.ru
SerialNumber: [ 12003084 e2250a36 ec1dd6b8 e3000000 3084e2]

Certificate Extensions: 6
[1]: ObjectId: 1.3.6.1.5.5.7.1.1 Criticality=false
AuthorityInfoAccess [
[
accessMethod: caIssuers
accessLocation: URIName: http://testca.cryptopro....%20Test%20Center%202.crt
,
accessMethod: ocsp
accessLocation: URIName: http://testca.cryptopro.ru/ocsp/ocsp.srf
]
]

[2]: ObjectId: 2.5.29.35 Criticality=false
AuthorityKeyIdentifier [
KeyIdentifier [
0000: 15 31 7C B0 8D 1A DE 66 D7 15 9C 49 52 97 17 24 .1.....f...IR..$
0010: B9 01 7A 83 ..z.
]
]

[3]: ObjectId: 2.5.29.31 Criticality=false
CRLDistributionPoints [
[DistributionPoint:
[URIName: http://testca.cryptopro....%20Test%20Center%202.crl]
]]

[4]: ObjectId: 2.5.29.37 Criticality=false
ExtendedKeyUsages [
clientAuth
]

[5]: ObjectId: 2.5.29.15 Criticality=false
KeyUsage [
DigitalSignature
Non_repudiation
Key_Encipherment
]

[6]: ObjectId: 2.5.29.14 Criticality=false
SubjectKeyIdentifier [
KeyIdentifier [
0000: 1C 35 65 63 19 F4 B6 C9 FD 24 58 2C 76 FC 55 63 .5ec.....$X,v.Uc
0010: 2C 17 B0 7D ,...
]
]

]
Algorithm: [1.2.643.2.2.3]
Signature:
0000: 0D 43 E6 1F 62 1C 51 3A 1A 71 8A 67 24 65 C3 5F .C..b.Q:.q.g$e._
0010: E3 AA FC 67 1C 22 15 B0 08 8C 3D 16 92 F9 03 48 ...g."....=....H
0020: 65 62 B5 32 CC 7A 6A B6 16 6F 61 FD 47 E6 E5 8C eb.2.zj..oa.G...
0030: 05 DC 79 8F EE D5 F6 D2 1F 70 35 34 3E 5B E7 57 ..y......p54>[.W

]
signatureMethodType = SIGN_WITH_CERT

org.apache.ws.security.crypto.provider=ru.wss4j1_6_3.ws.security.components.crypto.MerlinEx
org.apache.ws.security.crypto.merlin.keystore.type=HDImageStore
org.apache.ws.security.crypto.merlin.keystore.password=password
org.apache.ws.security.crypto.merlin.keystore.alias=gost_dup
cert.file=C:\\Users\\MainUser\\workspace\\temp\\gost_dup.cer

cert:
null

String provider = "JCP";
String method = "CERT";

Что представляет в вашем коде объект cert? Он заполнен перед передачей в newX509Data?

KeyStore keyStore = KeyStore.getInstance(
provider.equalsIgnoreCase(JCP.PROVIDER_NAME) ? JCP.HD_STORE_NAME : JCSP_DEFAULT_STORE_TYPE);
keyStore.load(null, null);

System.out.println("Алгоритм ключа = " + keyType.toString());
IXAdESConfig container = XmlContainer.createContainer(keyType);
System.out.println("container:");
System.out.println(container);

// Получаем ключ подписи.
PrivateKey privateKey;

if (provider.equalsIgnoreCase("JCSP")) {

JCPProtectionParameter parameter = new JCPProtectionParameter(
container.getSignatureContainer().getPassword());

JCPPrivateKeyEntry entry = (JCPPrivateKeyEntry) keyStore.getEntry(
container.getSignatureContainer().getAlias(), parameter);

privateKey = entry.getPrivateKey();

} // if
else {
privateKey = (PrivateKey) keyStore.getKey(
container.getSignatureContainer().getAlias(),
container.getSignatureContainer().getPassword());
System.out.println("privateKey:");
System.out.println(privateKey);
} // else

// Сертификат для помещения в X509Data (KeyInfo).
X509Certificate cert = (X509Certificate) keyStore.getCertificate(
container.getSignatureContainer().getAlias());
System.out.println("container.getSignatureContainer().getAlias():");
System.out.println(container.getSignatureContainer().getAlias());
System.out.println("cert:");
System.out.println(cert);

Алгоритм ключа = kt2001
container:
xades.config.XAdESConfig@197cf0d
privateKey:
null
container.getSignatureContainer().getAlias():
GostUsr
cert:
null

В самом ключевом контейнере, который используется для подписи, сертификат есть? Пример SignFileExample подписывает XML документ, добавляя подпись по стандарту XMLDSig, не CMS. CMS.java может создавать контейнер и сертификат с другим именем контейнера, который не подходит примеру SignFileExample (это разные примеры). Пример использует контейнеры с именами: "cdsUr01" с паролем "с1" (ГОСТ 2001), "GostUsr" без пароля (ГОСТ 2001), "cdsUr256" с паролем "c2" (ГОСТ 2012 256), "cdsUr512" с паролем "c3" (ГОСТ 2012 512) (см. xades.config.XAdESConfig).