...
// создание нового (пустого) XML-документа
final DocumentBuilder documentBuilder = dbf.newDocumentBuilder();
final Document doc = documentBuilder.newDocument();

final Element root = doc.createElement("Root");
doc.appendChild(root);

final Element anElement = doc.createElement("InsideObject");
anElement.appendChild(doc.createTextNode("A text in a box"));
anElement.setAttribute("Id", "signed");
anElement.setIdAttribute("Id", true);
root.appendChild(anElement);

final XMLSignature sig = new XMLSignature(doc, "", signMethod);
root.appendChild(sig.getElement());

final Transforms transforms = new Transforms(doc);
transforms.addTransform(Transforms.TRANSFORM_C14N_WITH_COMMENTS);

sig.addDocument("#signed", transforms, digestMethod);
sig.addKeyInfo(cert);
sig.sign(privateKey);
...

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?><Root><InsideObject Id="signed">A text in a box</InsideObject><ds:Signature xmlns:ds="http://www.w3.org/2000/09/xmldsig#">
<ds:SignedInfo>
<ds:CanonicalizationMethod Algorithm="http://www.w3.org/TR/2001/REC-xml-c14n-20010315"/>
<ds:SignatureMethod Algorithm="http://www.w3.org/2001/04/xmldsig-more#gostr34102001-gostr3411"/>
<ds:Reference URI="#signed">
<ds:Transforms>
<ds:Transform Algorithm="http://www.w3.org/TR/2001/REC-xml-c14n-20010315#WithComments"/>
</ds:Transforms>
<ds:DigestMethod Algorithm="http://www.w3.org/2001/04/xmldsig-more#gostr3411"/>
<ds:DigestValue>fp7gOtOW5oXBJr/dkStrVhxMr5SvS25bAy1bUkX9a+c=</ds:DigestValue>
</ds:Reference>
</ds:SignedInfo>
<ds:SignatureValue>
mIE6ZWBb8zEdLWQFnirHSMW7f3KWNrTcL5Lg8+uJsfl2H7awonASx3gcG4Wx4NNPtTypVX7Dg5dy
7EPah6+/ug==
</ds:SignatureValue>
<ds:KeyInfo>
<ds:X509Data>
<ds:X509Certificate>
MIIBfjCCAS2gAwIBAgIFAIjNRC0wCAYGKoUDAgIDMDMxCzAJBgNVBAYTAlJVMRIwEAYDVQQKDAlD
cnlwdG9Qcm8xEDAOBgNVBAMMB25ld0NlcnQwHhcNMTcxMTI3MTQwMzEwWhcNMTgxMTI3MTQwMzEw
WjAzMQswCQYDVQQGEwJSVTESMBAGA1UECgwJQ3J5cHRvUHJvMRAwDgYDVQQDDAduZXdDZXJ0MGMw
HAYGKoUDAgITMBIGByqFAwICIwEGByqFAwICHgEDQwAEQDImpcfgEqlFvA0crJ7/TTHhbxHylYfh
gSFpQQBGxatikyY6/PWcCmhh5GPrlQB2pEt2Kt0J4A+WW2QfZvfURoajJjAkMA4GA1UdDwEB/wQE
AwIGwDASBgNVHRMBAf8ECDAGAQH/AgEFMAgGBiqFAwICAwNBAJZrHBZX/iRjMkLus/E0FTy1egVo
WudwZpElR0vNA1Y0VvS2quc/sIrjIRMqWiwm0mD9U+Q1UjpeP+BGuikbZFM=
</ds:X509Certificate>
</ds:X509Data>
</ds:KeyInfo>
</ds:Signature></Root>

    
      public static boolean verifyXmlEnvelopedSignature(final byte[] source) throws Exception  {        
        final Document doc =
                DOCUMENT_BUILDER_FACTORY.newDocumentBuilder().parse(new ByteArrayInputStream(source));

        /* Чтение узла подписи <ds:Signature> из XML-документа */        
        final Element nscontext = doc.createElementNS(null, "namespaceContext");
        nscontext.setAttributeNS("http://www.w3.org/2000/xmlns/",
                "xmlns:" + "ds".trim(), Constants.SignatureSpecNS);

        // выбор из прочитанного содержимого пространства имени узла подписи <ds:Signature>
        final Element sigElement =
                (Element) XPathAPI.selectSingleNode(doc, "//ds:Signature[1]", nscontext);

        /* Проверка подписи XML-документа на основе информации об открытом ключе, хранящейся в
        XML-документе */        
        final XMLSignature signature = new XMLSignature(sigElement, "");

        // чтение узла <ds:KeyInfo> информации об открытом ключе
        final KeyInfo ki = signature.getKeyInfo();

        // чтение сертификата из узла информации об открытом ключе
        final X509Certificate certKey = ki.getX509Certificate();

        // если сертификат найден, то осуществляется проверка
        // подписи на основе сертфиката
        if (certKey != null) {
            return signature.checkSignatureValue(certKey);
        } else { // в противном случае осуществляется проверка на открытом ключе
            // чтение открытого ключа из узла информации об открытом ключе
            final PublicKey pk = ki.getPublicKey();
            if (pk != null) {
                return signature.checkSignatureValue(pk);
            }
        }
        throw new ApplicationException("applicationException.noPubKeyInfoToVerifySignature");
    }

    
      public static boolean verifyXmlEnvelopedSignature(final byte[] source) throws Exception  {
        /* Загружаем подписанный XML-документ из файла */
        final Document doc =
                DOCUMENT_BUILDER_FACTORY.newDocumentBuilder().parse(new ByteArrayInputStream(source));

        /* Чтение узла подписи <ds:Signature> из XML-документа */
        // чтение из загруженного документа содержимого пространства имени Signature
        final Element nscontext = doc.createElementNS(null, "namespaceContext");
        nscontext.setAttributeNS("http://www.w3.org/2000/xmlns/",
                "xmlns:" + "ds".trim(), Constants.SignatureSpecNS);

        // выбор из прочитанного содержимого пространства имени узла подписи <ds:Signature>
        final Element sigElement =
                (Element) XPathAPI.selectSingleNode(doc, "//ds:Signature[1]", nscontext);

        final NodeList nodes = doc.getElementsByTagNameNS(Constants.SignatureSpecNS, "Signature");
        for (int i = 0; i < nodes.getLength(); i++) {
            final Element item = (Element) nodes.item(i);
            item.getParentNode().removeChild(item);
        }

        /* Проверка подписи XML-документа на основе информации об открытом ключе, хранящейся в
        XML-документе */

        // инициализация объекта проверки подписи
        final XMLSignature signature = new XMLSignature(sigElement, "");

        // чтение узла <ds:KeyInfo> информации об открытом ключе
        final KeyInfo ki = signature.getKeyInfo();

        // чтение сертификата из узла информации об открытом ключе
        final X509Certificate certKey = ki.getX509Certificate();

        // если сертификат найден, то осуществляется проверка
        // подписи на основе сертфиката
        if (certKey != null) {
            return signature.checkSignatureValue(certKey);
        } else { // в противном случае осуществляется проверка на открытом ключе
            // чтение открытого ключа из узла информации об открытом ключе
            final PublicKey pk = ki.getPublicKey();
            if (pk != null) {
                return signature.checkSignatureValue(pk);
            }
        }
        throw new ApplicationException("applicationException.noPubKeyInfoToVerifySignature");
    }

final Element sigElement = (Element) XPathAPI.selectSingleNode(doc, "//ds:Signature[1]", nscontext);

final XMLSignature signature = new XMLSignature(sigElement, "");

signature.checkSignatureValue(certKey);

sigElement.getParentNode()

   final NodeList nodes = doc.getElementsByTagNameNS(Constants.SignatureSpecNS, "Signature");
   for (int i = 0; i < nodes.getLength(); i++) {
	   final Element item = (Element) nodes.item(i);
	   item.getParentNode().removeChild(item);
   }