На заметку, у нас с 3.6 R4 КС2 автоматическое обновление без всяких запросов перешло на 4.0 R3 КС1. Это можно решить параметрами командной строки установщика, но в графическом режиме выбора КС не спрашивает при обновлении установкой поверх.

Так что если у Вас стоит КС1, то Вам разницы нет, мсжете пользоваться обоими вариантами, а если нужно КС2 и выше (да и вообще все параметры держать под контролем) все же лучше сначала удалить старую версию, перезагрузиться, установить нужный вариант 4.0 (установщик покажет расширенные параметры), перезагрузиться снова. Это проще чем потом сверять параметры с требуемыми по КС.