добрый день!
сертификат всегда привязывается к 1 закрытому ключу?
а к копии этого закрытого ключа на другом носителе?

Единственное исключение касается различимости носителей в КриптоПро: есть практическая возможность сделать 2 съемных носителя (дискеты, флешки, жесткие диски, но не токены) неотличимыми для поиска контейнеров КриптоПро. В такой ситуации ссылка на контейнер на носителе 1 будет работать и для копии контейнера на носителе 2 без необходимости повторной привязки.

Для этого потребуется указать для носителей одинаковую метку и одинаковый VolumeId. Контейнеры на носителях также должны быть одинаковы (например, можно скопировать папку контейнера Проводником). Подключение 2 таких носителей одновременно нежелательно. Отмечу, что изменение (указание одинаковых) метки и VolumeId носителя может создать трудности при регистрации носителей в журнале (например, если носитель уже зарегистрирован с другими данными).