Подобную проблему решал сегодня в организации - гадский вирус/троян удаляет установленный личный сертификат после входа в КЭ. Систему переустанавливать нет возможности. Касперский спокойно "дает жить" вирусу на машине.

Решение (возможно кому то поможет) : Сами сертификаты после установки появляются в виде файлов в
\Documents and Settings\"пользователь"\Application Data\Microsoft\SystemCertificates\My\Certificates - можете кстати сами понаблюдать за "чудом": после установки личного сертификата, там появляется файл, после входа в КЭ на завирусованой машине он исчезает. Решил схитрить - установил атрибут для файла "read only" и толи вирус глупый, то ли ему самому прав не хватает - файл он удалить не может и есстно личный сертификат остается где ему и положено быть.

Тут один момент нужно запомнить - при переустановке личного сертификата КриптоПро, когда предлагается заменить уже существующий сертификат, то КриптоПро не может это сделать ввиду атрибута "только для чтения" у файла сертификата, поэтому придется либо удалить файл вручную, либо полностью восстановить права на файл.

ЗЫ. На машине клиента - КритопПро 3.0.