Уважаемый Максим!
Я связался с службой техподдержки МТС Банка. Они говорят что поставляют лицензию отдельно от сертификата.
basid написал что в некоторых версиях CryptoPro можно использовать десктопную лицензию. Есть какая-то официальная информация по этому поводу?
По поводу пересчета контрольной суммы - в параметрах задачи указывается программа и ключ к ней. Т.е. кавычки тут не при чем. В случае запуска из командной строки я использовал предварительно команду cd для перехода в каталог cpverify перед ее непосредственным запуском.