Заработало.
Хотя до этого несколько раз пробовал csptest -install -clean.
Ерунда какая-то, а не ежики =)

для удаления следов установки CSP 3.6

1. скачайте ftp://cryptopro.ru/pub/CSP_3_6/clearing.zip , распакуйте архив и запустите bat-файл с правами администратора
2. перезагрузите компьютер

Для успешной установки CSP рекомендуется проверить, что от 2.0 тоже не осталось следов(удалить вручную). Для этого следует:

1. удалить папку с файлами C:\Program Files\Crypto Pro (некоторые файлы могут остаться, это не страшно)
2. удалить раздел реестра HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Crypto Pro(что-то может остаться, это тоже не страшно)
3. удалить раздел реестра HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\{02CB7B88-4F11-4575-A1BB-103A40B83A4D}
4. удалить (если есть) раздел реестра HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\{A4D03E85-CDD1-4A49-941E-7C566DC2BA78} (этот раздел присутствует, если у Вас на машине был установлен КриптоПро TLS).
5. перезагрузить машину.
6. удалить, если остались файлы в п. 1.
7. удалить файл C:\Windows\System32\advapi32.$$$
8. удалить (если есть) файл C:\Windows\System32\cpssp.dll (этот файл присутствует, если у Вас на машине был установлен КриптоПро TLS).


После этого перезагрузите компьютер и можете устанавливать нужную версию CSP.


Кроме того, хочется отметить, что CSP версии 2.0 не предназначен для работы под управлением ОС Windows 2003 Server.