1. Для определения версии CSP можно прочитать значение HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Crypto Pro\Settings\Version - получаем 3.6.5402 (правильно ?). Как программно определить версию Sharpei (1.0.3498) ?

2. ... Вопрос, что нужно сделать, чтобы при установленной последней версии Sharpei (1.0.3498.0) вместо ... в подписанном XML-файле получалось ...

Ранее для идентификации российских алгоритмов внутри XML подписи и хеширования использовались другие пространства имен. Для алгоритма хеширования использовалось пространство имен http://www.w3.org/2001/04/xmldsig-more#gostr3411, а для алгоритма подписи http://www.w3.org/2001/0...gostr34102001-gostr3411. Эти пространства имен использовались в КриптоПро CSP 2.0, 3.0, 3.6 и ранних версиях КриптоПро JCP. Эти пространства имен устарели и их не рекомендуется использовать, но данный пример можно модифицировать для поддержания режима совместимости со старыми пространствами имен.

Для подписания в примере необходимо в ссылке на подписываемый узел (Reference) алгоритм хеширования CPSignedXml.XmlDsigGost3411Url заменить на CPSignedXml.XmlDsigGost3411UrlObsolete. Так же при подписании необходимо явно указывать алгоритм подписи, для этого необходимо расскоментировать строку
signedXml.SignedInfo.SignatureMethod = CPSignedXml.XmlDsigGost3410Url;
и заменить алгоритм подписи на XmlDsigGost3410UrlObsolete.

Код проверки подписи корректно проверяет подпись (без модификации) как в старом так и в новом пространствах имен.