public static bool VerifySignaturesXmlFile3(string xml)
        {
            var certificates = GetSertificates(xml);
            var allResult = true;
            // Проверяем все подписи.
            foreach (var cert in certificates)
            {
                AddSafeCanonicalizationMethod(cert);//тут добавляется "urn://smev-gov-ru/xmldsig/transform" в SafeCanonicalizationMethods
                bool result = cert.CheckSignature();//сертификат находится внутри узла Signature

                allResult &= result;
            }

            return certificates.Count != 0 && allResult;
        }

        internal static List<SignedXml> GetSertificates(string xml)
        {
            var certificates = new List<Tuple<SignedXml, byte[]>>();

            var doc = new XmlDocument { PreserveWhitespace = true };// Сохраняем все пробельные символы, они важны при проверке подписи.
            // Загружаем подписанный документ XML
            doc.LoadXml(xml);

            // Ищем все node "Signature"
            XmlNodeList nodeList = doc.GetElementsByTagName("Signature", SignedXml.XmlDsigNamespaceUrl);

            // Достаём все подписи.
            for (int i = 0; i < nodeList.Count; i++)
            {
                var signedXml = new SignedXml(doc);

                signedXml.LoadXml((XmlElement)nodeList[i]);

                certificates.Add(signedXml);
            }

            return certificates;
        }

cert.CheckSignature();