DigitalSignatureFactory.init("JCP");
KeyStore keyStore = KeyStore.getInstance("HDImageStore");
keyStore.load(null, null);

// Получение ключа и сертификата.
PrivateKey privateKey = (PrivateKey)keyStore.getKey(fileoralias,password.toCharArray());
X509Certificate cert = (X509Certificate) keyStore.getCertificate(fileoralias);

Document e = XMLTransformHelper.buildDocumentFromString(xmlbyte);

// инициализация объекта формирования ЭЦП в соответствии с алгоритмом ГОСТ Р 34.10-2001
XMLSignature xmlSignature = new XMLSignature(e, "", "http://www.w3.org/2001/04/xmldsig-more#gostr34102001-gostr3411", Transforms.TRANSFORM_C14N_EXCL_OMIT_COMMENTS);

/* Определение правил работы с XML-документом и добавление в узел подписи этих правил */

// создание узла преобразований <ds:Transforms> обрабатываемого XML-документа
Transforms transforms = new Transforms(e);

// добавление в узел преобразований правил работы с документом
transforms.addTransform(Transforms.TRANSFORM_ENVELOPED_SIGNATURE);
transforms.addTransform(Transforms.TRANSFORM_C14N_EXCL_OMIT_COMMENTS);
transforms.addTransform(SmevTransformSpi.ALGORITHM_URN);

// добавление в узел подписи ссылок (узла <ds:Reference>), определяющих правила работы с
// XML-документом (обрабатывается текущий документ с заданными в узле <ds:Transforms> правилами
// и заданным алгоритмом хеширования)

Element _element2Sign = e.getDocumentElement(); //element2Sign != null ? element2Sign : argDocument.getDocumentElement();
String referenceURI = _element2Sign.getAttribute("Id");

Attr attributeNode = _element2Sign.getAttributeNode("Id");
lement2Sign.setIdAttributeNode(attributeNode, true);

if (referenceURI == null || "".equals(referenceURI.trim())) {
    referenceURI = _element2Sign.getAttributeNS("http://docs.oasis-open.org/wss/2004/01/oasis-200401-wss-wssecurity-utility-1.0.xsd", "Id");
}
if (referenceURI == null || "".equals(referenceURI.trim())) {
    referenceURI = "";
}
String refURI = referenceURI;
if (!refURI.isEmpty() && !refURI.startsWith("#")) {
    refURI = "#" + refURI;
}

xmlSignature.addDocument(refURI, transforms, "http://www.w3.org/2001/04/xmldsig-more#gostr3411");     

// создание внутри узла подписи узла <ds:KeyInfo> информации об открытом ключе на основе
// сертификата
xmlSignature.addKeyInfo(cert);

// создание подписи XML-документа
xmlSignature.sign(privateKey);