Новый контейнер на рутокен создается, потом к нему получается обратиться(ключи видно). Следовательно, рутокен работает, проблема с конкретным контейнером.
Отсюда вопрос: на машине с какой ОС, с какой версией CSP и с какими драйверами для рутокена создавались ключи?


по поводу проблем при переустановке:
1) попробуйте распаковать ftp://cryptopro.ru/pub/CSP_3_6/clearing.zip и запустить бат-файл. При этом запуск осуществите от имени администратора(правой кнопкой - запуск от имени) -- в случае висты не достаточно быть залогиненным под админом, нужно производить запуск от имени. После того, как утилита отработает, перезагрузите компьютер.
2) переустанавливая csp, ставьте дистрибутив КС1 и НЕ ставьте галку "использовать службу хранения ключей".

отправила.
по сути, там csptest + батник, в котором прописан запуск с параметрами

csptest -install -clear


просто это было выделено в отдельную единицу ввиду частого использования (чтобы пользователям параметры не диктовать и чтобы запускать удобно было).

Это вопрос скорее к производителям модулей поддержки - мы в свою очередь попробуем с ними договориться.