С помощью CAdESSignature по хешу (в качестве данных) проверить не удастся.

Посмотрите примеры CMSSign и CMSVerify в пакете CMS_samples в samples-sources.jar (лучше взять из дистрибутива JCP 2.0). В CMSSign в ф. createHashCMSEx есть возможность сформировать подпись, имея хеш, а не данные. Соответственно, в CMSVerify в ф. CMSVerifyEx можно внести изменения, чтобы также проверить по хешу, а не по данным: в коде функции CMSVerifyEx используется переменная text, которая должна содержать исходные данные (либо подаваемые в функцию, либо извлекаемые из подписи, если она совмещенная), она передается в функцию verifyOnCert, далее формируется хеш по этим данным и сверяется со значением соответствующего атрибута (digest). Это место можно доработать.