Добрый день! Мой вопрос состоит в следующем: каким образом загрузить сертификат в систему, чтобы можно было подписывать им письма, то есть каким образом его связять с private key. Я сделал следующее:
1. Создал себе key с помощью keytool
2. Зашел в ваш тестовый УЦ и получил сертификат.

Как теперь загрузить этот сертификат в IE с закрытым ключом, чтобы можно было подписывать письма в ЭПТ?

Я все равно не вижу, где в написанном идет свзять с private key.
Я установил корневой сертификат. Личный сертификат я сохранил в виде файла (то, что выдал ваш УЦ сохранил в файл) . Я так понимаю, что мне нужно работать с контейнером, для этого его нужно создать. Как это сделать?

Ключевой контейнер создается программой СКЗИ "КриптоПро CSP" при генерации ключей. Например, это можно сделать с использования метода CreatePKCS10 объекта XEnroll.
Для того, что бы на тестовом УЦ получить сертификат, Вам нужно было сделать запрос на сертификат в формате PKCS#10. Когда Вы делали этот запрос, Вы и сформировали ключевой контейнер.
Потом сервисными функция через окно свойств "КриптоПро CSP" (доступно через панель управления) Вы устанавливаете сертификат. Вот тогда Вас программа и спросит (условно) "дай сертификат", "дай ключевой контейнер". Если всё это дадите, то КриптоПро CSP поставит сертификат в хранилище сертификатов в связке с закрытым ключем (в виде цифрового удостоверения).