X509Certificate2 cert = GetCertByThumbprint(thumbprint);
ContentInfo contentInfo = new ContentInfo(msg); //msg - файл, который нужно подписать, считанный в массив байт
SignedCms signedCms = new SignedCms(contentInfo, true);

CmsSigner cmsSigner = new CmsSigner(cert);
cmsSigner.IncludeOption = X509IncludeOption.None; 

signedCms.ComputeSignature(cmsSigner);
byte[] encodedMsg = signedCms.Encode();

string base64String = System.Convert.ToBase64String(encodedMsg, 0, encodedMsg.Length);
System.IO.StreamWriter outFile = new System.IO.StreamWriter([путь к файлу подписи],
false,
System.Text.Encoding.ASCII);
outFile.Write(base64String);
outFile.Close();