Интересная манера у Вас задавать вопрос :-) "Развейте мои сомнения" & "Встала задача выяснить". В чем у Вас сомнения!? С утра всегда веселое настроение :-)
Ваш сотрудник имеет ключ и сертификат ЭЦП для совершения действий путем подписывания документов в электронной форме как представитель другой организации (ДР), в которой он работает по совместительству. Так? Это пересказана друими словами Ваша ситуация. Эта ситуация законна. Никаких "засад" для Вас она не имеет. Ваш сотрудник не сможет воспользоваться и совершить действия, влекущие правовые последствия, с помощью ЭЦП от имени Вашей организации.
Поясняю: для сотрудника сертификат ключа ЭЦП изготовил и выдал удостоверяющий центр (УЦ). Он должен был получить документы, подтверждающие то что сотрудник имеет право действовать от имени ДР. Например, доверенность от руководителя ДР. Информацию о ДР УЦ должен был занести в сертификат ключа ЭЦП. Если УЦ не имеет доверенности от ДР или он занес ошибочную информацию в сертификат ключа ЭЦП, то вся отвественность на УЦ.

Если Ваша организация захочет, что бы Ваш сотрудник с помощью ЭЦП действовал от имени ВАШЕЙ организации, то оформите на него НОВЫЙ ключ и сертификат ключа ЭЦП.

После того, как директор отозвал довереность у зама, сертификат зама нужно аннулировать. А что такое "перевыпускать сертификат"? Сертификат можно: изготовить, выдать, аннулировать, приостановить действие, возобновить действие. Больше законных действие с сертификатами нет.


И правы и не правы одновременно. Для начала опять поправлю Вашу терминологию. УЦ !!!никогда!!! не подтверждает, что ЭЦП - Пупкина. УЦ может подтвердить, что:
1. сертификат ключа подписи был изготовлен УЦ
2. сертификат ключа подписи принадлежит Пупкину.
3. закрытый ключ, соответствующий сертификату ключа подписи выдан Пупкину или был у Пупкина в момент подачи заявления на изготовление сертификата.
4. статус сертификата ключа подписи на момент такой-то был таким-то
5. ЭЦП и электронный документ не были искажены на момент подтверждения подлинности ЭЦП или момент создания подписи (если есть доказательство этого момента).

Что ЭЦП Пупкина доказывается комплексом действий. Были случаи, что даже с привлечением средств видеонаблюдения, размещенных в рабочем помещении, где сидит Пупкин.

Правила исполнения электронных документов, удостоверенных ЭЦП, определяются соглашением между участниками информационной системы или решением владельца информационной системы (ст. 17 1-ФЗ "Об ЭЦП"). Эти правила, обычно, включаю и порядок определения полномочий лица, подписавшего электронный документ. Если класть брямя доказывания полномочий на контрагента, но зачем нужен вообще электронный документооборот, если он не дает никакой оперативности в отличии от традиционного бумажного. Это в бумажном документоообороте бремя доказывания падает на контрагента и он вынужден запрашивать документы, подтверждающие полномочия: копии устава, учредительного договора, протокола собрания участников общества, копию доверенности и т.д. Бррр! А в электронном нужно быстро.
Поэтому нормальные системы электронного документооборота это возлагают на УЦ и тогда сертификат есть также и электронный аналог доверенности на полномочия. Это удобно! Поэтому принятие электронных документов к сведению и/или к исполнению будет осуществлять быстро, что позволит значительно оптимизировать бизнес-процессы.

Насколько я понял, правоустанавливающая логика следующая:

1. Владелец сертификата ключа подписи передает свой открытый ключ и документы, подтверждающие данные о Владельце и его отношениях/полномочиях (например, доверенность Организации на совершение от ее имени сделок).

2. УЦ выпускает сертификат ключа подписи, которым подтверждает личность Владельца СКП и его полномочия вступать в определенные отношения. При этом, очевидно, УЦ принимает на себя гражданскую ответственность за достоверность сведений, указанных в сертификате.

3. Контрагент, получивший электронный документ (например, оферта на некоторую сделку), подписанный ЭЦП Владельца СКП, из видит, что Влделец уполномочен направлять такие документы, и Контрагент может со своей стороны акцептовать его.

4. Если возникнет судебное разбирательство, и ЭД будет признан действительным (ЭЦП корректна, СКП не отозван), то Организация должна будет полностью отвечать по своим обязательствам, вытекающим из акцептованного ЭД.

5. Если УЦ ошибся, и полномочия Владельца, указанные в СКП не подтвердятся, то: 1) Организация будет освобождена от обязательств по акцептованному Контрагентом ЭД, и 2) ответственность (возмещение ущерба) за неисполнение Организацией своих обязательств ляжет на УЦ.