Вместе с файлом отправляйте электронную подпись созданную через плагин для этого файла.
На стороне сервера можно выполнить проверку этой подписи, извлечь сертификаты и т.п.

Как запрограммируете, так и будет.


А цель какая у разрабатываемого сервиса?
Принять что-то и сохранить на сервере?

Если есть возможность проверки ЭП на стороне сервера - она должна быть.
Никогда не доверяйте клиентской части (с)



Не помешает.

как происходит подпись нескольких файлов?
подписывается почему то только один файл, а потом ошибка?

сейчас подписываю следующим способом:

$('#file').on('change', function(e){
var files = this.files;
var sCertName = $('#certList').val();
for(var i = 0, f; f = files[i]; i++)
{
var reader = new FileReader();
// Closure to capture the file information.
reader.onload = (function(theFile){
return function(e){
var header = ";base64,";
var sFileData = e.target.result;
var sBase64Data = sFileData.substr(sFileData.indexOf(header) + header.length);
var signedMessage = SignCreate(sCertName, sBase64Data);
var verifyResult = Verify(signedMessage, sBase64Data);
if(verifyResult){
$('<textarea />', {name: 'signedFiles[' + theFile.name + ']'}).val(signedMessage).appendTo('#ecpFiles');
}

};
})(f);
reader.readAsDataURL(f);
}
});

функции SignCreate и Verify взяты из примера.
если выбираю один файл, то все хорошо, поле добавляется... если несколько, то добавляется одно поле и затем плагин отваливается с сообщением uncaught exception: Key does not exist. (0x8009000D), а затем uncaught exception: Invalid algorithm specified. (0x80090008) и приходится перезапускать браузер

со всеми вопросами вроде бы разобрался, кроме одного.
подписание файлов с помощью ЭЦП-плагина происходит при помощи FileReader API, а он в свою очередь не работает с форматами офиса 2007 и выше, т.е. с форматами .docx, .xlsx и т.д.
как тут быть?