1. у Вас есть контейнер - где\кто его формировал (Вы\ваш сотрудник или сотрудники из УЦ)?
2. по вашему запросу\запросу от сотрудника УЦ - должны были издать сертификат в УЦ
3. Вам\Вашему сотруднику передали файл с сертификатом.

Все верно?
Далее - необходимо установить сертификат в личное хранилище с привязкой к контейнеру.
Средствами CSP - выясняется, что в контейнере закрытый ключ не связан с открытым ключом из сертификата -
значит либо у Вас не тот контейнер, либо не тот сертификат...

Если у Вас есть запрос на сертификат (файл p10) - по нему можно выпустить (могу помочь с этим) еще один сертификат в любом УЦ (аккредитованном\тестовом)...
а далее - взять и убедится, что открытые ключи в текущем и новом = не совпадают...
и попробовать установить новый сертификат с привязкой к текущему контейнеру...